Preference 是設定系統預設參數的工具，包含三大部分 系統設定 (System)、繪圖設定 (Plot)、匯出設定 (Output)。

首先介紹系統設定 (System)，在 Start-Up Option，可以選擇是否要啟動 Visual Signal 的同時並且也啟動 Matlab Engine ( 如果使用者的系統中有安裝 Matlab )。

可以選擇運算控制功能中 Auto 是否要被勾選，也可以讓使用者選擇 Visual Signal 介面的使用語言，目前僅支援 英文 ( English ) 以及 繁體中文 ( Traditional Chinese )，語言選擇之後必須重新啟動 Visual Signal。

Pre-Collapsed Property 則是設定每個元件之 Properties 的內容格式，預設參數是 Module、Grid，代表說每個元件的 Properties 內容中 Module 的樹狀圖為收起來的狀態 (如下圖)。

Forced Garbage Collection 可以選擇何時 ( 無設定、每次專案更新、每次元件更新 ) 進行記憶體回收，可以幫助釋放記憶體空間。

再來說明繪圖設定 (Plot) ，第一項 Default Plot Size 與繪圖相關，可設定繪圖區圖面的預設寬度及高度；Hold Plot Range 設定 Viewer 元件參數，決定圖形 XY 範圍是否要保持不變 ；Retain Plot 設定 Viewer 元件沒有被連接時，是否要保留原圖形；Auto Legend Name 設定是否自動顯示圖例說明，最後有 Line Color Preferences，此設定在 Viewer 中各通道訊號的呈現顏色，如下圖。第二項 Time Frequency Plot，可設定 Time Frequency Viewer 中CMin 的預設及 CMax 的預設，並依據時頻資料的最大值 ( Absolute Maximum Value ) 的百分比或者所有時頻資料的百分位數。所有設定參考下下圖。

Writer 中的 Output Directory 可設定輸出檔案(如圖檔、訊號資料檔)時儲存的預設目錄路徑；Output Encoding 設定輸出編碼格式；Graph 中的 Graph Export Format 則是設定在 Batch Run 的時候輸出之圖片格式；Reporter 中 Default number ofdecimal places 可以設定 Reporter 的結果中，小數點後的顯示位數。